虽然没有明说以杨增新为首的迪化城众官员缔结的是城下之盟，所有人都知道，在杨增新同意张汉卿的所有要求后，新疆已经打上了奉系的烙印。
归化军在杨增新的督令下开始改编成为新疆保安军。类似于人民军的架构，督军署相当于司令部，所有军令都由参谋长执行；全部军队编为3个骑兵团和2个步兵团，各团配置了政治干部。
以迪化保安队为基础，武警部队在各地筹建。这是一支杨增新亦无法管制到的半军队化武装，考虑到原归化军并无大炮等重武器，武警部队的成立，对军队的牵制力量更大。
清除旧有势力的影响，自下而上的改革是一条屡试不爽的妙招。新疆80％的土地掌握在不到5％的地主手里，90％以上的农民都是地主的奴隶，当牛做马，两头不见太阳下地干活，一年下来还吃不饱肚子。为了颠覆这种剥削，赢得人心，首先在新疆的几个较大的地区开展土地改革。
同东北的一样，这场改革打倒了千百年来压在各族人民头上的地主阶级，彻底废除了封建土地所有制，使65万农民，分得137万多亩土地，使各族农民不仅摆脱了汉族反动统治阶级的压迫和剥削，而且结束了本民族内部的以地主阶级为代表的封建势力的压迫和剥削，真正在政治上、经济上得到了翻身，也使得人民党在新疆至少在兵团所在地域得到底层的支持。
还在打下甘肃时张汉卿就指出：“要彻底解决民族问题，完全孤立民族反动派，没有大批少数民族出身的人民党干部，是不可能的”。同样地，“解决新疆问题的关键是我党和维族的紧密合作”。
1920年1月下旬，经人民党西北局批准，首先吸收了15名少数民族人民党员。这15名党员，包括7个民族，其中维吾尔族8名。
为了培养少数民族干部，张汉卿当时要求青海、甘肃、新疆、宁夏各省人民党省委及一切有少数民族存在地方的地委，都应开办少数民族干部训练班，并要求新疆在3年内要培养出1000名左右懂得政策又能联系群众的忠实于人民利益的民族干部。
同期，新疆结合本地实际，在伊斯|兰教和藏传佛教中开展了宗教制度的皿煮改革。
改革的主要内容有：废除宗教中的封建特权，如废除伊斯|兰教门宦制度中的“放口唤和教主继承制”等，废除寺庙私设法庭、监狱和刑罚，干涉民事诉讼，擅自委派部落头人、阿訇，私藏武器，干涉婚姻自由，压迫歧视妇女以及干涉文化教育，强迫少年儿童到寺院学经，当喇嘛等；
废除寺院的土地、森林、牲畜等封建生产资料私有制和高利贷、无偿劳役等剥削制度；
废除寺庙强迫性的宗教经济负担制度，禁止敲诈勒索群众的财务；
废除寺庙的封建管理制度，包括管家制度、等级制度、打罚制度和大小寺院的隶属关系等，实行皿煮管理制度；
肃清了宗教界内披着宗教外衣的反革命分子，巩固了人民政权，安定了社会秩序，使信教群众能够进行正常的宗教活动。
这个时候，新疆政|府的影响力还是很大的，由于上层基本没有民族干部，所以这种自下而上的运动没有触及到上层官僚的利益，而下层百姓获得了实实在在的好处，只有地方上的政教组织得到彻底的破坏。但是他们没有军事力量，在觉醒的民众压力下，一切都是浮云。
通过对伊斯|兰教和藏传佛教的宗教制度的皿煮改革，使伊斯|兰教和藏传佛教摆脱了剥削阶级和反对分子对宗教的控制和利用，革除了长期以来对广大信教群众的宗教剥削和压迫制度。
与此同时，还改变了长期以来宗教与民族，宗教信仰与宗教制度，宗教与生活习惯，宗教与行政，宗教与教育不分以及宗教干预国家法律和司法的现象。
考虑到人民党立足未稳，当时在进行社会改革时采取了稳重和谨慎的步骤，充分考虑了新疆民族和宗教的特点。“在新疆实行社会改革，应充分地估计到民族和宗教的特点，有意识地在民族和宗教问题上作一些让步，以换取整个社会改革的胜利，是完全必要的。”
民族区域自治、宗教信仰自由等被确定为政|府在牧区现行政策宣传的重点。这些政策团结了一切可以团结的力量。
但是这种让步不是无原则的退让，张汉卿可不愿意出现像穿越前所见到的“少数民族特别”的情况。想起共和国曾经发生的新疆骚乱，那种明目张胆的烧杀打砸抢，是任何一个法制国家都不允许的。
这种土壤，应该就是政策的失误----政|府可以对少数民族以政策的优惠，但应以不会放松法律上的要求为前提。连古代都讲“王子犯法，与庶民同罪”咧。
张汉卿当然不是一个大汉族主义者，他认为既然各民族在宪法上的权利是相等的，那么其违法的惩处力度应该也是相同的。否则，违法者受到轻恕，更加有峙无恐；受害者心有余悸，后来愈加忍让，更让其嚣张。
其严重违法的结果是“不得不抓时，政|府担心少数民族认为是民族歧视，借此掀起对中|央的不满搞分裂；不抓时，汉族人民认为是政|府软弱有法不依，而对政|府心生怨言”，可谓对双方都吃力不讨好。
在建设兵团的三个地区，张汉卿进行了《反分裂国家法》和被称为现代社会三大法系的《刑法》、《民法》、《行政诉讼法》的第一次尝试，明确规定：任何从事国家分裂和挑唆民族不和的各族人群都适合于死刑，各民族在公私事务上的权利和义务是相同的。
在行政上，积极探索民族区域自治制度----但不会傻到自己人为地划出一个区域来让其自治，而是要有根据、有理由、有立有废。
像后世的新疆，因为维族人口占当地少数民族人口最多便命名为维吾尔族自治区，这是极不合道理的。这个叫法，本身就是对一些心怀不轨人群的一种鼓励，也变相强调了一些族群的显著地位，更是对其他少数民族的一种不尊重。
这个省无论从名称还是实质上，都不是你一家的，是各族人民实现共同治理的地方，任何名义上的歪曲都不能被接受。适当地给少数民族以政治上的优待是允许的也是合理的，但是这种优待不能是无原则、无底限的。
新疆目前仍然是行政省，张汉卿才不会对此有任何退步，只是在省内各地区依照民族聚居情况设立许多民族自治州、自治县。
当然，设立自治区域是有条件的，那就是本区域的某个少数民族比例超过10%，才允许以这个民族给自治区域冠名。像新疆省内有维吾尔族自治州、回族自治县等，就是因为此地这些民族的人口比例超过规定数量。
不要以为这些举措是限制少数民族发展的，相反，在这个以汉族为主的时代，少数民族的地位在政治上几乎没有，或者只是有限的形式上的。真正把民族区域自治制度落实下来的，是张汉卿。
张汉卿入疆后一个在民族史上流传甚广的作用是确立了“维吾尔”这个叫法。
要知道，在此之前，维族是被归属于回族中的信仰MSL的民族，曾被清朝称之为回疆。孙逸仙的“五族共和”也没有把人数众多的新疆维族单独列出来：“国家之本，在于人民。合汉、满、蒙、回、藏诸地为一国，即合汉、满、蒙、回、藏诸族为一人。是曰民族之统一。”此时尚没有维族的说法。
在不同时期，汉文文献对这个族名有不同的译写。4世纪文献中称为“袁纥”，6世纪末、7世纪初文献称为“韦纥”；788年以前文献中称为“回纥”，到13世纪70年代称为“回鹘”；到17世纪40年代称为“畏兀儿”；至20世纪初则称为“回部”、“缠回”。
这个时候的汉语音的“维吾尔”有“畏兀儿”和“威武尔”等译法。前者其族人认为含贬义，后者被别族认为是有自大之意，于是少帅定了个中性的“维吾尔”，历史书上才正式有这个民族的出现。
在维族区域，一般每县都会有5个卡孜阿訇（大阿訇）。他们掌管当地宗教事务，其辖下的宗教法庭是执法机关，权限之大是信仰伊斯|兰教各国中仅有的。劳动人民蒙冤受屈，重则惨遭鞭笞、断肢、油烹、活埋等酷刑，轻则脸抹黑灰、倒骑毛驴游街示众。
为保护人民利益，并最大限度地清除这些机构对教民的影响，新政|府取缔了这些组织并明确规定，任何民众的政治生活都受法律保证，除各级人民法院，禁止任何组织和团体以任何手段对人民行使拘羁权，以及各种刑罚。他宣布，中华民国的民族地区不允许任何形式的政教合一的行为，这将视同非法组织。
人民党通过培养出民族干部，实行民族区域自治，开展土地改革、和宗教制度的皿煮改革等一系列社会改革和大力建设新疆，基本消除了新疆的民族压迫和阶级压迫，促进了新疆地区的发展，基本清除了“jia
gdu”的土壤。
只要这种势头不断保持，给各民族的福利随着经济的好转不断增加，除非昏了头想造反，谁都不会放着好日子不过。当然，对彻底的分裂势力，张汉卿也会行使人民政|府的权力，让他们彻底从这个世上消失。
有时候，像对付呼图克图一样从肉体上消灭一些人，在政治上是必要的，在影响上是巨大的，特别在对付一些心怀不轨的人而言。