毕竟，方元创造这种病毒的初衷，就是为了造福人类啊！（无误）嗯，至于已经在文中多次出现过的“隐藏功能”为什么会存在于这种病毒之中……咳！这都是科学研究人员的日常手滑啊！（大雾）……就在NERV本部入口处发生的微生物群落大战并没有惊动到除了方元之外的任何人，也就是知道“剧情”发展的碇真嗣心中有些奇怪——本应在这段时间出现的第九使徒完全没有踪影，甚至连本该送到日本的三号机也依旧被留在美国。
后者还好理解，毕竟NERV本部的三台EVA机体都依旧完好，除了初号机找不到驾驶员之外，战力丝毫无损，不需要另外调动EVA过来救场。
至于前者，碇真嗣一想到还有一个将使徒当做猎物的“旅行者”在，就差不多猜到事情的真相了——一定又是被那家伙给抢先了！但是这对他来说也是一个好消息——不管怎么说，这么一来就不会有人受伤，无论那只使徒侵蚀的是哪一架EVA，驾驶员都很难逃过一劫，就算侥幸活下来也会有精神污染的风险，这可不是碇真嗣愿意看到的。
不过，他不知道的是，因为某人的无心之得，很快的，NERV日本本部就不会再有合格的EVA驾驶员了——如果按照他们现行的规定严格执行的话。
是的，方元在获得了蓝光病毒后，并没有把它藏着掖着，而是再度将其释放了出去，而且重点放在了如同NERV基地这种防守严密、内外封闭的设施之中，力求要让地球上再也没有任何一个死角，让全人类都能分享到“生命之果”的馈赠。
然而，方元的“好心”，对于某些人来说，不吝于致命的毒药。
尤其是对于碇源堂来说，www.youxs.org，立刻就知道不妙——长久以来一直坚持对使徒病毒的封锁，失效了！特别是绫波丽与明日香这两位十分重要的EVA驾驶员，纵然NERV对她们二人的保护与限制最为严密，但依旧还是挡不住无视物质阻拦的蓝光病毒，很不幸地中招感染了病毒。
明日香这个纯种的人类确实是没办法了，碇源堂不得不暂时解除了对方EVA驾驶员的身份，将希望寄托在绫波丽这位人造人身上——在他看来，如果狠下心给她换一个身体，应该能解决这种病毒感染的问题吧！然而，最后的结果却让碇源堂大失所望——虽然一开始给她换上新身躯之后的确恢复了正常，但只要绫波丽的灵魂转移到新躯体后没几分钟，很快就又有感染的迹象，不管之前做了再多的防护措施都没用！很显然，这一次的病毒感染，已经不是普普通通的空气隔离就能应付得了的了，甚至于NERV的科研人员到现在都还没弄清楚这一次的病毒感染途径到底是什么。
不，应该说，这一次他们所感染的病毒，到底还是不是上一次的病毒都无法确定。
唯一可以确定的一点就是，被感染之后的人体内同样会出现S2机关，而根据感染者的资质不同，www.youxs.org。
仅仅一周后，整个日本NERV本部基地中，几乎所有人都被确认感染，www.youxs.org——除了一个人之外。
嗯，没错，这个人就是碇源堂本人。
不知为何，能无差别感染所有人类的病毒传遍了NERV基地，但就是没有传染给碇源堂，就好像直接把他从人类籍中开除出去了一样，这让老碇司令在庆幸之余，又有些郁闷。
——这病毒是什么意思？是不把他当人了吗？还是看不起他？为毛就独独把他一个人给漏下了？！二更完成，今天就这么多了。
)514>第五千零三章碇源堂的行动＆SEELE高层的真相
嗯，碇源堂所受到的“区别对待”，当然是方元的手笔。
对于这个为了一己之私就擅自决定了全人类命运的家伙，方元是怎么看都看不顺眼，自然也不想把人类进化到下一阶段的钥匙交给他。
再者说了，碇源堂不是一直对使徒病毒的安全性表示不信任，甚至不愿意让感染者坐上EVA吗？那么方元也就自然没必要让对方“为难”。
因此，方元对所有“使徒病毒”以及后续的“蓝光病毒”都下了一道指令——凡是进入到碇源堂体内的病毒体都会在第一时间自我毁灭，不会让他有半分获得S2机关的希望。
这下子，就算我们的碇司令转换了立场，想要将人工提取出来的使徒病毒注入到体内也是没有用的了。
对此，碇源堂在恼怒之余，也敏锐地察觉到了什么：“果然，这种病毒背后是有人操控的么……”毕竟，不管怎么说，单单把他一个人给漏掉这件事实在是太过不自然了，碇源堂也可以肯定自己身上并没有什么对使徒特殊抗体之类的玩意儿，那么很容易就可以得出结论——这病毒背后有某个存在，并不想让他获得这种所谓的“进化”。
碇源堂回到了自己那间既空旷又压抑的巨大办公室，按下了一个隐秘的机关，从地板下升起了一个暗格，里面存放着的，正是之前被加持良治从NERV伯大尼支部带回来的“尼布甲尼撒之匙”“看来，虽然有些冒险，但那个计划必须要提前了……”……就在碇源堂打算在自己的身体里植入一些乱七八糟的东西时，另一边，方元也再度开始行动了起来。
不过这一次他的目标就不是什么使徒了，而是SEELE这个一直隐藏在幕后的古老组织。
而他真正的目的，不是别的，正是SEELE保管的所有死海文书，以及死海文书中描述的人类补完计划的所有细节。
借助于[以太]在网络世界中的强大性能，虽然花费了一些周折，但方元最终还是找到了这些SEELE高层的相关信息。
“只有7个，而不是12个吗……看样子这一点也是根据新剧场版的剧情来的呢！不过……这些人把自己的身份也掩得太严实了吧！”方元看了看[以太]费尽周折才从网络中找到的七份资料，有些意外——即使是[以太]的能力，也无法找到这些SEELE高层的照片又或者录像，他能从网络中找到的，也就只是七个名字。
“从每次通讯信号的追踪结果来看，这七个人都份数不同的国家啊！不过貌似全都是欧美国家……哼！毕竟是亚伯拉罕废物的后代，会想出人类补完这种堪称举族自灭的计划也不意外……”方元先是不屑地嘲讽了一声，然后再看向那几个地址，从中选出一个最近的，再通过地图确认了空间坐标之后，随手开启了一道空间虫洞，就找上了门去。
相比，对面的那位SEELE高层，会很高兴自己家里来了客人吧…………然而，当方元跨越千山万水赶到目的地，然后又以康氏潜行大法潜入到那处秘密基地的最深处时，却发现事情与他预想的有些不一样。
“……原来这个世界就是被一群活死人给掌控着吗？这还真是讽刺呢！”看着眼前那漂浮于玻璃罐中、上面连接着许多管线的人类大脑，方元立刻就明白了，原来在这个时候，这些SEELE高层就已经失去了身体——或者说，为了确保更长的寿命，主动抛弃了自己的身体，只留下一个与维生系统相连的大脑！他之前还以为，新剧场版第三部中这些已经变成了缸中之脑的SEELE高层，是因为时间跨度又过去了十四年，已经超过了他们的肉体寿命极限，因此不得不放弃了身躯。
但现在看来，很显然不是的，这些老人早在这时候就已经变成这副样子了。
只不过之前方元探查到七个高层分部处在不同的国家，让他误以为这些人还依旧活着。
——这种安排其实也挺有道理的，如果这些已经失去了肉体只剩下大脑的家伙都被安置在同一个地点，那一旦出事就是全部一锅端的下场，在确保他们的计划完成之前，将所有人分散安置是一个摊薄风险的最好办法。
“你是……什么人？”就在方元进入这间存放“缸中之脑”的房间后，一个苍老的声音从隐藏在房间角落的扬声器内发出，很显然，方元如此大摇大摆地入侵，已经被这位SEELE高层发现了。
不过方元本身也没有任何隐藏自身的意思，他只是淡定地转了转头，环顾了一圈，就发现了隐藏在一堆机械设备中的摄像头。
“我？你可以称我为‘旅行者’！”对于这个缸中之脑的提问，方元直接搬出了自己应付碇真嗣时所采用的自称，紧接着他就摆出了一副鄙夷的神色，而且还正好转向了摄像头所在的方向，让那个“缸中之脑”能清楚看到他的表情：“不过我还真是挺意外的，没想到所谓的SEELE，居然是掌握在像你这样半生半死、不生不死的怪物手里。
然而就是你们这种连死亡都不敢面对的家伙，居然有胆子代替整个人类做出决定，玩什么‘人类补完计划’？真是一群不知所谓的家伙！”“你，什么都不懂！吾等所做的一切，都是为了人类的存续，与更加光明的未来！那些什么都不知道的愚蠢民众，如果没有我们这些知晓真理的先行者引导，是不可能渡过最终的约定之日的，我们所做所为，都是在拯救人类！”扬声器中发出了老人那肃穆中带着激昂的声音，很显然，这个只剩下一个大脑的家伙，并不认为他们SEELE所做的一切都是错的，反而真真正正认为自己是在做正确的事，是在拯救人类……而这个过程中完全没有过问过他口中的“全人类”的意见，反而以一副高高在上的姿态认为那些愚民们不配拥有发言权，只配在他们这些“先行者”的指引下一无所知地迎接被划定好的最终下场。
这就让方元很是恶心了，一时间都没有了继续与对方争辩的心思——对于这种已经把自己洗脑成功、自认为正义使者救世主的精神病，语言的争辩是不会有任何效果的，就算有效果方元也懒得去争论了。
对于这种擅自就代表了全人类的野心家，方元只会用一种方式给予回应——物理消灭！)515>第五千零四章补完计划的情报＆人类强化+2
当然，在彻底消灭这个只剩下大脑的SEELE高层之前，方元还需要从对方脑中得知一些东西。
就见方元手中光弧闪动，一丝丝本不该出现在这个世界的魔力编织成一个个术式，缠绕上了那玻璃缸中漂浮着的大脑。
与此同时，与方元一心同体的[以太]也适时出手，接管了这处基地的所有电子系统，尤其是对大脑维生系统的掌控，确保对方不会为了保守秘密而发动不知道存不存在的自毁系统。
而面对着方元这前所未见的神秘手段，只剩下一个大脑的SEELE高层根本什么都做不到，只能眼睁睁地“看”着自己脑中的所有秘密被一点一滴地挖掘出来，任由对方随意……良久之后——“呼——原来如此，所谓的人类补完，原来就是这么一回事……”手中光弧消散，玻璃缸内的大脑已经化为灰黑的肉块逐渐分解在营养液中，而方元此时也已经对SEELE的人类补完计划彻底了解了个通透。
说实话，这计划本身并不复杂，其根本还是在于亚当与莉莉丝的结合，两大使徒的本质融合，生命之果与智慧之果的交融，再以全世界近三十亿人类的生命为祭品，将会诞生出真正的“神”——至少是在SEELE这群人眼里的“神”。
当然，这里面“以人类作为祭品”是方元的定义，在SEELE的计划中，则是将其称为“人类由群体化为个体、由凡物化为神灵的终极进化”。
而整个计划最关键的地方，就是在于引导亚当与莉莉丝的本质融合的存在，不能是任何其他使徒，而应该是由人类创造出来、也是由人类掌控的人造之神——Evangelion，也就是EVA。
不过，就在这里，SEELE与碇源堂出现了分歧。
作为人类补完计划的最初制定者，SEELE将身负补完重任的EVA设定为在月球上制造的。
这是一台拥有完整S2机关、不再有运行时间限制，甚至还能在短时间内直接从月球飞到地球的超级机体，甚至在方元刚刚获得的情报中得知，这架机体本身的主体部分就是用亚当的四分之一躯体制造而成，其潜力与战力都深不可测。
然而，作为SEELE的最重要合作者，NERV的总司令，心中别有目的的碇源堂却希望执行补完的EVA个体是融入了碇唯灵魂的初号机。
甚至于，为了让整个补完过程彻底掌握在他个人的手中，他还安排加持良治从NERV伯大尼分部夺来了等价于亚当躯体的“尼布甲尼撒之匙”，为此甚至不惜谋划毁掉尚在建造中的五号机。
不过，这一切计划都在方元降临之后被彻底打乱了——方元大范围扩散的使徒病毒，无差别赋予了全人类生命之果的力量，这相当于掀桌子的举动，直接就让所谓的“人类补完计划”在最关键的地方无法实行下去。
毕竟，所谓的“人类补完”，其前提就是所有人类都是不完整的，需要通过互相融合的方式达成整体上的升华，最终由群体的、不完美的“人类”进化为个体的、完美的“人”，然后再由“人”成“神”。
但如果每一个人不需要与其他人融合就自我圆满了呢？如果每一个人类都能拥有独自进化成“人”乃至升华成“神”的潜力呢？方元的举动，毫无疑问是在从根本上否定“人类补完计划”的意义。
而即使是从技术层面上来讲，www.youxs.org，也等同于变相增强了人类补完的难度。
——毕竟想要让全人类互相融合，第一步要做的就是打破所有人类的“心之壁”，www.youxs.org，www.youxs.org，其数量还是三十亿以上，这难度差别自是可想而知。
虽然在很多时候，有所谓的“XX之下皆为蝼蚁”，区区一点点力量上的增减，并不能改变人类的个体与真正的使徒之间的巨大差距，尤其是在亚当与莉莉丝结合之后那堪称真正的神力之前，www.youxs.org。
但同样的还有另一句话，“量变引起质变”，单个弱小的人类，其灵魂脆弱得只能驱使自己的身体，甚至都不能以任何除此之外的方式干涉物质，但一旦将三十亿人类的灵魂融合为一体，立刻就能拥有堪比真正使徒、甚至还要超越许多倍的灵魂强度。
同样的，www.youxs.org，想要打破Ta的心之壁，或许只需要增加一点点力量，但如果这个数量乘以了三十亿，那所需要额外消耗的能量，甚至是之前的百倍千倍以上，其难度自是不言而喻的。
“当然，这么做还是不够保险，毕竟人类补完计划启动时的能量来源，是亚当与莉莉丝结合之后直接打开狄拉克之海的大门，从中汲取出无尽的能量，或许到时候一切力量在某个阈值以下的存在都逃不过被补完的下场……”方元沉吟着：“所以，要么继续强化所有人类，加速他们从‘人类’向‘人’的进化，要么就得摧毁那些补完计划中的关键要素，比如说初号机、六号机、莉莉丝的躯体、甚至是绫波丽与渚薰的灵魂……”来自于世界之外的旅行者思考了许久，最终做出了决定——当然是继续走第一条路啦！通过摧毁关键要素的方式阻止补完算什么本事？！方元就是要让那些野心家眼睁睁地看着补完发动，然后半点结果都没有，最后活生生郁闷而死啊！“那么，正好上个世界学会的领域可以用上了……www.youxs.org，那就再加上物质肉身与能量，共同构建成独立的小天地，以世界的壁障取代心灵的壁障，这应该就足够了……”这么想着，方元心念一动，遍布全世界所有人体内的使徒病毒与蓝光病毒骤然发生了微妙的变化，某种信息在无声无息之间渗透到了每一个人的身心之中，悄无声息但又无比迅捷地改变着许多东西。
想必，很多人第二天起来，就会发现自己身上又发生了变化吧！二更完成)516>第五千零五章赤木律子的研究成果
在给全人类进行了一波+2的强化之后，方元并没有停下自己的脚步。
趁着剩下那些SEELE高层还来不及转移的时候，他在一夜之间穿梭于整个世界，顺利找齐了剩下六个只剩下大脑的SEELE高层。
嗯，再加上最开始那个，集齐七个之后看样子就可以召唤神龙了呢……（大雾）不过，与最开始那位惨遭搜魂致死的倒霉鬼不同，方元并没有将剩下的六人杀死，而是随手炼制了一套便携式的大脑存放设备，将他们仅剩的脑子给装了进去，随身带走了。
——之前说了要让他们眼睁睁地看着自己的计划失败，那方元就一定要说话算话！……滴滴滴、滴滴滴、滴滴滴……“好吵！”嘭——！一只秀气精致的玉手从床边伸出，摸索了两下，然后随手一拍，就将兢兢业业执行着报时工作的闹钟给拍成了粉碎。
无辜的闹钟惨烈“阵亡”之后，房间再度安静下来。
十五分钟后……“糟糕！要迟到了！！！”床上睡着的玉人儿猛然惊醒，“唰”地一下坐直了身子，然后一眼就看到了已经英勇殉职了的闹钟先生。
愣了两秒钟，紧接着她才有些惊慌地从床边的一堆衣物里翻出了一枚军用手表，看清楚了上面的时间，这才大大地松了一口气。
“还好，才过了十五分钟，还来得及……”橙黄色头发的少女原本紧绷的身体骤然一松，以鸭子坐的姿势坐在了软软的床铺上，浑身上下充斥着倦怠的气息。
转头又看了一眼阵亡闹钟的残骸，不由得叹了一口气：“这已经是这个星期第四个坏掉的闹钟了吧，我还是没法习惯这一身突然变化的力量啊……”这已经是明日香在身体感染了使徒病毒后再度发生变化的第四天。
自从三天前一觉醒来，明日香就发现自己的身体力量突然之间大到了有些可怕的地步——随手一握，一不小心就会捏碎玻璃杯，想要开门，一用劲就直接把门把手给拽了下来，去洗手间洗个手，稍微不注意就把整个水龙头给拧断了……要不是身边的人也一同发生了变化，明日香甚至都不敢跟别人有任何肢体接触了，生怕握个手就把人给捏出个粉末性骨折出来……www.youxs.org——这样频繁地变化来变化去，她还怎么维持正常生活啊！好在，经过了三天多的适应，明日香已经基本掌握住了体内暴涨了不知多少倍的力量，现在除了像早上刚睡醒的时候会因为习惯性的迷糊而有些失控之外，其他时候都已经能很好地控制住自己的力量。
“啊～～真是的，又要重新买一个闹钟了！”有些烦躁地挠了挠因为睡姿不雅而变得凌乱不堪的秀发，明日香一脸不爽地从房间角落里拖出纸篓，开始收拾起散落了一地的闹钟碎片。
就在这时，她的卧室门被人从外面打开了，门缝里钻出一个脑袋：“哟！明日香，又砸坏闹钟了？”这是葛城美里。
——如同原剧情中那般，来到日本的明日香被安排了与葛城美里同住，由她这位熟人兼上司作为未成年少女的监护人。
不过因为碇真嗣早早地就离开了NERV，甚至到后来整个人都行踪不明了，并没有继续住在葛城美里家里，因此两位少男少女并没有任何交集，甚至明日香对碇真嗣的一切认知都只局限于“非常能打”这一点。
——嗯，在看过对方一飞冲天怼死了第九使徒（NERV标准）之后，她已经不再称呼碇真嗣为“胆小鬼”了，取而代之的则是一个“很能打的莽夫”的印象。
当然，虽然少了一个碇真嗣，但这并不影响两位关系本就很熟悉的女性在共同居住的生活中更加地熟悉对方——就比如说明日香已经十分了解了葛城美里这个人在私下里是多么邋遢的一个女酒鬼，也比如葛城美里同样知道了明日香在早上醒来的时候都会迷糊好一段时间，然后就会因为控制不住骤然暴增的力量而打坏什么东西……“是啊，这是第四个了……真不知道这所谓的‘使徒病毒’究竟是怎么回事！www.youxs.org？怎么到现在连身体力量都发生变化了？！”一把将装满了垃圾的纸篓仍回到角落里，因为力量用得稍微大了一点，顿时发出了“咚”的一声响，穿着小背心加短裤的明日香就这么毫不在乎形象地叉着腰，满脸不爽地吐槽着。
“不仅仅是力量的变化哟～刚刚律子那边打来了电话，对于我们身上发生的第二阶段变化，好像已经研究出一些眉目了！”葛城美里摆了摆手指，如此说道。
“……”明日香闻言，有些忧虑地皱起了眉头：“不止是力量的变化吗……”……“所以，你是说，我们的身体又发生了新一轮的进化吗？”这已经是一个小时之后了，葛城美里与明日香已经来到了NERV基地，刚刚听完赤木律子博士的讲解。
不过，虽然听了半个多小时，但是并非专业科学家出身的葛城美里最终也只能听懂很少的一部分，总结出来就是上面那句话了。
对此，赤木律子早已习惯，她只是很是淑女地吸了口烟，然后说道：“进化……姑且可以这么称呼吧……不过我更愿意称呼为‘物质代谢系统的完善与自我时空的闭合’。”
“物质代谢系统的完善与自我时空的闭合……”葛城美里咀嚼着这个听上去很是复杂的词组，若有所思。
“没错，如果说我们在感染了‘使徒病毒’www.youxs.org，那我们现在经历的就是物质身体与时空层面的改变了——在物质与时空层面上，我们的身躯正在逐渐向着完全封闭系统转变……”赤木律子点了点头，继续说道：“你们也感觉到了吧？我们现在已经几乎不需要摄入食物与水就能生存下去了，S2机关在我们体内提供的能量就足以供应我们身体的一切能源需求，甚至连物质代谢都在被逐渐取代……当最终彻底完成了进化的我们，或许会在时空层面上也完成最终独立，最后彻底变成不需要与外界时空交流的孤立个体……”听着赤木律子描绘的“可怕”未来，葛城美里浑身颤了颤，有些难以想象那种所谓的“时空层面上彻底孤立”到底是个什么样的感觉，越想越恐怖的她不由得打断了赤木律子的话：“这应该都只是你的臆想吧？你有什么实际证据吗?”“嘛，很遗憾，的确有证据呢……”赤木律子耸了耸肩，一脸“你居然猜到了”的表情回答道：“根据我们对上百位感染者的监测结果，从四天前开始，以我们的身体为分界，我们体内的时空正在向着更加复杂的高维度时空展开，虽然目前的程度还不明显，从外表上来看，我们都还是生活在三维空间中的生物，但实际上，www.youxs.org，并且仍在向着更高维度的生命形态进化中。”
“……那不就是在向着使徒变化吗？！”明日香有些震惊地说道。
“是啊，所以这就是‘使徒病毒’啊……让人类变成使徒的病毒！”在葛城美里越来越难看的脸色映衬下，赤木律子如此总结着说道。
)517>第五千零六章第二阶段强化的本质
虽然赤木律子与葛城美里等人的交谈，是在理应绝密的NERV基地内部，但是这对于方元来说，她们的谈话就好像发生在他眼前一样，每一句话都听得清清楚楚。
而在听完了赤木律子的研究成果后，方元也不得不对这个世界的科研实力表示一声惊叹——居然都已经研究到这个地步了！虽然对方的研究中有很多的谬误与片面化的结论，但其最根本的发现确实是没错的——在方元以使徒病毒、蓝光病毒为媒介对所有人类进行了第二阶段改造后，所有人都在从普通的三维空间生物向着高维度生命进化。
而这种改造的本质，就是方元从上一个世界被逼无奈之下发展出来的领域的另一种形态。
在《漆黑的子弹》世界，因为失去了真理之门的支援，同时又因为世界法则的微妙差异，方元一度失去了大半部分的超凡力量，最终还是借助着当地本土的些许超自然传承重新发展出了“身成世界、天人共鸣”的法门，并借此延伸出了领域力量。
虽然这种力量的外在表现就是那掌控一方天地、以己心为天心的领域，以及在领域范围内肆意操控世间万物乃至规则法则的伟岸力量，但其最核心的根本还是在于“身成世界、天人共鸣”这八个字。
而在这八个字中，“天人共鸣”可以说是领域成型的实质源头，超凡之力的能量源泉，但实际上，那看似不起眼的“身成世界”，才是这份力量的真正基础、根源中的根源。
唯有在自身之内成就独立时空，并以此为凭依，方能够与外界天地共鸣共振、内外映照，汲取无限力量。
当然，放在EVA世界，这“天人共鸣”的步骤其实就已经不再重要了，毕竟要获得无限无尽的能量源，还是门槛更低的S2机关更为合适。
因此，对于这个世界人类的第二阶段改造，方元就削弱了“天人共鸣”所占的比重，将重点放在了“身成世界”的部分——www.youxs.org，融合了已经强化到一定地步的物质身躯与初步解放的灵魂，又有S2机关提供的无限能源，扭曲时空、分割维度，以人类的肉身为界，塑造出一个个独立的自我时空。
不过，与赤木律子估算的不同，就算到最后每个人都进化出了独立的自我时空，也并不意味着人类就彻底与外部世界孤立了。
这一点看方元就知道，他也是成就了身成世界的，但难到他就与外界完全孤立了？虽然说，当这条路走到最后，臻至巅峰，的确可以选择将自己与外部世界完全分隔，自成一体，于虚空中自开世界，自己玩自己的。